Zum Sommersemester 1995 hatte das ZIFG unter der Leitung von Karin Hausen – die von 1978-1995 als Professor_in für Wirtschafts- und Sozialgeschichte und von 1995-2003 als Professor_in für interdisziplinäre Frauen- und Geschlechterforschung an der TU Berlin tätig war – die Arbeit aufgenommen.

Nach eineinhalb Jahren „in Gründung“ beschloss das Kuratorium der TUB am 18. Dezember 1996 mit 20:0:1 Stimmen, das ZIFG am Fachbereich I der TU Berlin für zunächst 3 Jahre einzurichten. Es folgte eine erste, wissenschaftlich wie politisch intensive und überaus ertragreiche Phase für das ZIFG, die folgerichtig 2000 zu dessen Verstetigung führte. 2001 folgte die Gründung des zunächst aus Mitteln des Berliner Chancengleichheitsprogramms finanzierten Schülerinnenprojektes „Techno-Club“, der 2007 in die Regelfinanzierung der TU überging.

Karin Hausen leitete das ZIFG bis zu ihrer Pensionierung im Jahre 2003. In den Jahren 2003-2009 wurde die Professur als Gastprofessur von der Historiker_in Regina Wecker, der Politikwissenschaftler_in Brigitte Kerchner, der Philosoph_in Cornelia Klinger, der Soziolog_in Sabine Hark sowie der Kulturwissenschaftler_in Dorothea Dornhof wahrgenommen.

2009 wurde Sabine Hark auf die Professur für Interdisziplinäre Frauen- und Geschlechterforschung an der Fakultät I der TUB berufen und übernahm die Leitung des ZIFG. Im Jahr 2010 richtete das ZIFG den Gründungskongress der Fachgesellschaft Geschlechterstudien/Gender Studies Association (Gender e.V.) aus, deren 1. Vorsitzende Sabine Hark von 2010-2014 war und deren Geschäftsstelle seitdem am ZIFG angesiedelt ist. Im Jahr 2012 startete das Zertifikatsstudienprogramm Gender Pro MINT für Studierende der MINT-Fächer an der TU Berlin.