Das strukturierte Promotionsprogramm der Berlin School of Economics (BSE) wird gemeinsam mit der HU, der FU, der Universität Potsdam, der ESMT, der Hertie School und dem WZB durchgeführt. Studierende des MINE können bereits Kurse in den Doktorandenprogrammen wählen, die für den Master-Abschluss angerechnet werden, und sich nach Abschluss des Masters um die Aufnahme in das Programm bewerben.