Robotics and Biology Laboratory

Anforderungen

Ausgeprägte Python-Kenntnisse, Kurs "Computational Biology" (oder ähnliche Kenntnisse), gute Kenntnisse in Statistik und probabilistischen Modellen

Kontaktperson

Kolja Stahl

Thema

Cross-links sind experimentell abgeleitete Abstandsbeschränkungen, die zur Vorhersage von Proteinstrukturen verwendet werden können. Die cross-links werden aus den Massenspektrometriedaten gewonnen: Die verschiedenen beobachteten Spektren werden mit Peptidsequenzen abgeglichen und cross-links vorhergesagt. Die Vorhersage der Querverbindungen aus den Massenspektrometriedaten ist verrauscht. Das Ziel dieser Arbeit ist es, die Vorhersage von cross-links zu verbessern, indem physikalisch-chemische und geometrische Daten des Proteins genutzt werden. Durch die Einbeziehung externer Informationen und den direkten Umgang mit der Mehrdeutigkeit in den Daten könnten wir die Anzahl der cross-links verbessern und/oder weniger Experimente für eine ähnliche Ausbeute benötigen.