Ausgeprägte Python-Kenntnisse, Kurs "Computational Biology" (oder ähnliche Kenntnisse)

Kolja Stahl

Die Cross-Link-Massenspektrometrie ist eine experimentelle Technik, die Einschränkungen für den Abstand der Rückstände zur nativen Struktur liefert. Die Methode wurde bereits früher für die Vorhersage von Proteinstrukturen mit Hilfe von ab initio verwendet. In dieser Arbeit werden Sie eine Methode entwickeln, die Cross-Links nutzt, um homologe Strukturen zum Ziel in der PDB zu finden. Zu diesem Zweck werden Sie die durch Cross-links bereitgestellten Distanzbeschränkungen mit simulierten Querverbindungen für die Vorlagen aus der PDB vergleichen.