Humans navigate and interact with the 3D world robustly without complicated 3D sensors like lidars, but 2D sensors in the eyes. If compared (rather naively) to widely available camera sensors the human retina has vastly diminished capabilities, such as resolution, refresh rate etc. How then can humans interact with the 3D world so robustly?

Cross-links sind experimentell abgeleitete Abstandsbeschränkungen, die zur Vorhersage von Proteinstrukturen verwendet werden können. Die cross-links werden aus den Massenspektrometriedaten gewonnen: Die verschiedenen beobachteten Spektren werden mit Peptidsequenzen abgeglichen und cross-links vorhergesagt. Die Vorhersage der cross-links aus den Massenspektrometriedaten ist verrauscht. Ziel dieser Arbeit ist es, die Vorhersage von Quervernetzungen zu verbessern, indem physikalisch-chemische und geometrische Daten des Proteins genutzt werden.

Cross-Link Mass Spectometry is an experimental technique that provides residue distance constraints on the native structure. The method has been previously used to guide ab initio protein structure prediction. You will develop in this thesis a method that leverages cross-links to find homologous structures to the target in the PDB.