Robotics and Biology Laboratory

Aligning a Sequence to Non-contiguous Sequence Fragments

Im Rahmen dieses Masterprojekts werden wir uns insbesondere mit den folgenden Aspekten des Problems befassen:

  1. eine einfache Ausrichtungsmethode, um Übereinstimmungen zwischen einer Zielsequenz und eng verwandten Gruppen von Sequenzfragmenten zu finden. Dies ist ein eher einfacher Teil des Problems. Die einzige Herausforderung, die es zu bewältigen gilt, sind die mehrfachen Übereinstimmungen einiger Sequenzfragmente mit der Zielsequenz.
  2. eine fortgeschrittene Alignment-Methode, um Übereinstimmungen zwischen einer Zielsequenz und entfernt verwandten Gruppen von Sequenzfragmenten zu erkennen. Um diesen Teil des Problems zu bewältigen, müsste man Techniken wie Sequenzprofile und möglicherweise Sekundärstrukturvorhersage anwenden.

Wir erwarten, dass wir am Ende dieses Projekts über einen Rahmen verfügen, mit dem man für eine bestimmte Zielsequenz potenziell (sowohl eng als auch entfernt) verwandte Gruppen von Sequenzfragmenten extrahieren kann.

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Kontaktpersonen

Nasir Mahmood (primary contact)

Oliver Brock