Ein Schwerpunkt der Forschung in BIBS ist die Untersuchung von anthropogen verursachten schnellen Veränderungen von Ökosystemen. In einzelnen Arbeitspaketen soll die gesamte Kette von Ursachen, Mechanismen und Konsequenzen dieser Veränderungen untersucht werden. Als neuartiger methodischer Ansatz wird eine Forschungsplattform in Form von Landschaftslaboren, sogenannten "ScapeLabs" für die experimentelle Biodiversitätsforschung auf unterschiedlichen räumlichen Skalen etabliert.