Die Gründung des Zentrums für Antisemitismusforschung 1982 ging auf eine Initiative des damaligen Vorsitzenden der jüdischen Gemeinde Berlins Heinz Galinski, des Berliner Regierenden Bürgermeisters Dietrich Stobbe, des Präsidenten der Technischen Universität Rolf Berger und des TU-Historikers Reinhard Rürup zurück. So entstand mit dem ZfA der erste Lehrstuhl zur Erforschung der Geschichte des Holocaust in Deutschland, ergänzt durch einen Lehrstuhl für die Geschichte und Gegenwart des Antisemitismus. 1982 kehrte mit Herbert A. Strauss ein Absolvent der Berliner Hochschule für die Wissenschaft des Judentums und enger Mitarbeiter von Rabbiner Leo Baeck aus dem Exil in den USA in die Bundesrepublik zurück, um das Zentrum als Gründungsdirektor aufzubauen und bis 1990 zu leiten. 1986 erhielt der Politologe und Holocaust-Forscher Wolfgang Scheffler die zweite Professur.

Schnell entwickelte sich das ZfA zu den weltweit bedeutendsten Einrichtungen seiner Art. In der Frühphase bemühte sich Strauss vor allem um die internationale Vernetzung der einschlägig arbeitenden Forscher/innen. Renommierte in- und ausländische Wissenschaftler/innen waren an den ersten Forschungsprojekten des ZfA beteiligt und nahmen an verschiedenen Konferenzen teil. Ein weiteres Ziel war die Zusammenführung der bereits vorhandenen Forschungsansätze, etwa in der Reihe „Current Research on Antisemitism“, welche die sozialwissenschaftlichen und psychologischen Forschungen zum ersten Mal überblicksartig zusammenfasste. Außerdem lancierte das ZfA umfangreiche Forschungsprojekte zur Geschichte des Judenbildes oder zur Geschichte der wissenschaftlichen Emigration während der NS-Zeit. Schließlich trug das ZfA von Beginn an das Thema des Antisemitismus in Geschichte und Gegenwart in die breitere Öffentlichkeit, etwa durch Ringvorlesungen oder Lerntage. Thematisch war die Ausrichtung des ZfA schon in der Frühphase breiter als die Antisemitismusforschung im engeren Sinne: Neben der Geschichte des Nationalsozialismus und des Holocaust wurden Aspekte der jüdischen Geschichte wie auch feindselige Haltungen gegenüber anderen Minderheiten in Deutschland und Europa behandelt.

1990 wurde die Leitung vom Zeithistoriker Wolfgang Benz übernommen, der insbesondere die Antisemitismus-, NS- und Holocaust-Forschung am ZfA vorantrieb. Der Soziologe Werner Bergmann erhielt 1999 den zweiten ZfA-Lehrstuhl und arbeitete vor allem zur Geschichte und Gegenwart des Antisemitismus. 1992 wurde das „Jahrbuch für Antisemitismusforschung“ ins Leben gerufen. Zugleich entstanden – neben zahleichen Monographien und wissenschaftlichen Artikeln – die mehrbändigen Standardnachschlagewerke die „Enzyklopädie des Nationalsozialismus“ (1997), „Der Ort des Terrors. Geschichte der nationalsozialistischen Konzentrationslager (2005-2009) sowie das „Handbuch des Antisemitismus“ (2008-2015). Nach dem Ende der europäischen Teilung hat das ZfA den Blick verstärkt nach Ost-Mitteleuropa gerichtet, wo alte Vorurteilsstrukturen in aktuellen Krisensituationen neuen Nährboden fanden und finden. Neben Konferenzen zu einzelnen Ländern – Lettland (1994), Litauen (1996), Slowakei (1997), Polen (1998), Rumänien (1999), Ungarn (2003, 2012) – nahm das ZfA jedoch auch ganz Europa in den Blick, z.B. auf der großen internationalen Tagung „Antisemitismus in Europa“ (1992). In diesem Zusammenhang wurden auch zwei Forschungskollegs zum Antisemitismus in Europa – einmal (von 2005 bis 2012) zur Phase 1879 bis 1914 und einmal (von 2012 bis 20??) für die Zeit nach dem 1. Weltkrieg – von Dr. Ulrich Wyrwa und Prof. Dr. Werner Bergmann erfolgreich durchgeführt, in dessen Rahmen über 20 internationale Doktoranden und Doktorandinnen gefördert wurden.

Zugleich wurden seit der Gründung auch die aktuellen Trends im Bewusstsein und im politischen Verhalten der Deutschen – mithin Antisemitismus, Fremdenfeindschaft, Extremismus – mit den empirischen Methoden der Sozialwissenschaft analysiert. Eine erste sozialwissenschaftlich gestützte und umfassend ausgewertete Umfrage zu antisemitischen Einstellungen in der bundesrepublikanischen Bevölkerung hat das ZfA – und dort federführend Werner Bergmann und Rainer Erb – Ende der 1980er Jahre durchgeführt. Dieser Schwerpunkt hat sich durch die seit 1999 existierende „Arbeitsstelle Jugendgewalt und Rechtsextremismus“ am ZfA fest etabliert, die wissenschaftliche Erkenntnisse stärker als zuvor für Strategien gegen fremdenfeindliche Jugendgewalt nutzbar macht.

Schließlich intensivierte das ZfA in den 2000er Jahren auch den Fokus auf andere Ausgrenzungsmechanismus. Der seit 2001 in den Blick der Wissenschaft und der Öffentlichkeit geratenen Judenfeindschaft unter Muslimen widmete sich im Jahre 2000 eine internationale Konferenz über die Entwicklung der Feindbilder im Nahost-Konflikt, gefolgt von einer Tagung über islamistische Judenfeindschaft im Dezember 2005. Drei Jahre später löste eine Konferenz „Feindbild Muslim-Feindbild Jude“ öffentliche Debatten über die Frage der Vergleichbarkeit von Antisemitismus und Islamfeindschaft aus. Die ebenfalls in den letzten Jahren in Europa wieder erstarkte Feindseligkeit gegen Sinti und Roma wurde 2007 Thema einer zusammen mit UNICEF und dem Deutschen Bundestag veranstalteten Konferenz.