Das Zentrum für Antisemitismusforschung untersucht seit seiner Gründung Antisemitismus und Rassismus sowie die vielfältigen damit verbundenen Formen von Diskriminierung, Ausgrenzung und Gewalt. Neben einem Schwerpunkt in der deutschen Geschichte war das ZfA stets ein Ort inter- und transdisziplinärer Forschung; vor allem soziologische, politik-, kultur-, kunst-, medien- und literaturwissenschaftliche Herangehensweisen spielten – und spielen – eine große Rolle. Auch thematisch war die Arbeit am ZfA nicht auf die Holocaust- oder Antisemitismusforschung im engeren Sinne beschränkt, so dass umfangreiche Forschungen zur deutsch-jüdischen Geschichte, zum deutsch-jüdischen Exil, zum Extremismus, zu Antiziganismus und Roma-Holocaust, zu anderen Ausprägungen von Rassismus und Gewalt oder zur Geschichte und Gegenwart von Minderheiten in Deutschland ebenfalls stattfanden. Diese umfassende Ausrichtung hat sich unter der neuen Leitung nicht verändert. Seit 2011 leitet die Historikerin Stefanie Schüler-Springorum das ZfA, seit 2017 hat der Historiker Uffa Jensen die zweite Professur inne, bis 2022 gefördert durch eine Heisenberg-Professur der DFG. Zugleich wurden neue Arbeitsschwerpunkte bzw. Forschungsperspektiven für die Antisemitismusforschung identifiziert und umgesetzt: die Geschlechterforschung, die Emotionsforschung sowie die Forschung zu visueller Kultur und Medien.

Im Zuge dieser Weiterentwicklung entstanden neue Einrichtungen und institutionelle Einbindungen: So vertritt die Leiterin die TU Berlin im Direktorium des Selma Stern Zentrums für Jüdische Studien Berlin-Brandenburg, einem überregionalen und interdisziplinären Zusammenschluss von fünf Universitäten und drei außeruniversitären Einrichtungen, die seit 2012 gemeinsam Berlin zum bedeutendsten Standort in den jüdischen Studien in Deutschland entwickelt haben. Das ZfA gehört auch zu den Gründungseinrichtungen des überregionalen „Forschungsinstituts Gesellschaftlicher Zusammenhalt“, das vom Bundesministerium für Bildung und Forschung 2020 ins Leben gerufen wurde und die Dynamiken gesellschaftlicher Integration und Desintegration untersuchen soll. 2019 wurde dem ZfA zudem eine umfangreiche Sammlung antisemitischer Bilder geschenkt, welche der belgische Privatsammler Arthur Langerman zusammengetragen hatte. Dafür wurde das Arthur Langerman Archiv zur Erforschung des visuellen Antisemitismus (ALAVA) gegründet, das sich sowohl der wissenschaftlichen Analyse als auch Fragen der pädagogischen und musealen Umsetzung widmet. Ein weiterer Schwerpunkt der ZfA-Arbeit liegt auf der systematischen Erforschung von Antisemitismus in der deutschen wie internationalen online-Kommunikation. Im Forschungsverbund „Decoding Antisemitism“ werden implizite wie explizite antisemitische online-Äußerungen in deutschen, englischen und französischen Mainstream-Medien untersucht. Seit 2021 koordiniert das ZfA die Förderlinie Antisemitismus des Bundesministeriums für Wissenschaft und Forschung, einem Verbundprojekt mit insgesamt 31 Teilvorhaben an zehn Standorten. Daneben existieren zahlreiche kleinere Forschungsverbünde und Einzelforschungsprojekte, die von den MitarbeiterInnen des ZfA initiiert und durchgeführt werden. Auf internationaler Ebene gehörte das ZfA 2012 zu den Gründungsmitgliedern des internationalen Forschungsnetzwerks International Consortium for Research on Antisemitisms and Racism (ICRAR), das gemeinsame Forschungsinitiativen der beteiligten Institute koordiniert, internationale Konferenzen veranstaltet und eine englischsprachige Buchreihe herausgibt.